Résumé de l'histoire: Dans une petite campagne, répondant au doux nom de Rizenbull, vivent avec leur mère les deux frères Elric: l'aîné Edward (11 ans) et le cadet Alphonse (10 ans). Ils apprennent tous deux l'alchimie avec les livres que leur a laissés leur père, grand alchimiste, avant de les abandonner.
L'alchimie est une science qui permet de transformer un objet en un un autre objet, à condition de respecter certaines règles. On obtient un objet d'une certaine masse en échange d'un objet de la même masse: c'est le principe de l'équivalence.
Suite à la mort prématurée de leur mère, les frères Elric tentent de la ressusciter grâce à l'alchimie, mais échouent. Lors de l'opération, Alphonse y perd son corps et retrouve son âme enfermée dans une armure tandis qu'Edward se voit amputer d'un bras et d'une jambe.
Ils partent alors à la recherche de la Pierre Philosophale, l'objet qui leur permettra de pratiquer l'alchimie sans limite, sans respecter les règles d'équivalence, et qui leur permettra de retrouver leurs corps originels...